Çankaya Üniversitesi Genel Sekreterlik, üniversitenin idari ve kurumsal işleyişinin merkezi konumundadır. Akademik ve idari birimler arasındaki koordinasyonu sağlayarak, üniversitenin stratejik hedeflerine ulaşmasında kritik bir rol üstlenir. Misyonu, Çankaya Üniversitesi'nin eğitim, araştırma ve topluma hizmet faaliyetlerini destekleyen etkin, şeffaf ve sürdürülebilir bir idari yapı sunmaktır. Bu birim, üniversite yönetiminin aldığı kararların titizlikle uygulanmasını sağlarken, tüm idari süreçlerin yasalara ve üniversite prosedürlerine uygunluğunu denetler, böylece kurumsal yönetişimin temelini oluşturur.

Genel Sekreterlik, personel yönetimi, bütçe planlaması, hukuki danışmanlık, kurumsal iletişim, öğrenci işleri süreçlerine destek ve kalite güvencesi gibi geniş bir yelpazede hayati hizmetler sunar. Üniversitenin tüm birimleriyle yakın işbirliği içinde çalışarak, idari süreçlerin sorunsuz akışını temin eder ve paydaş memnuniyetini ön planda tutar. Öğrenci odaklı bir yaklaşımla, akademik birimlerin ihtiyaçlarına hızlı ve etkili çözümler üretirken, üniversite yönetiminin kararlarının uygulanmasında köprü görevi görür. Bu sayede, Çankaya Üniversitesi'nin dinamik yapısını destekleyerek, tüm paydaşlar için verimli ve çağdaş bir çalışma ortamının sürdürülmesine katkıda bulunur. Üniversitenin vizyonunu gerçekleştirmesinde temel bir destek mekanizması olarak, sürekli gelişim ve mükemmeliyetçilik ilkesiyle hareket eder ve üniversitenin geleceğine yön veren idari süreçlerin güvencesidir.