Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı’nda CRISPR-Cas9 Teknolojisi: İkinci Nesil Düzenleme Platformu

İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, 2024 itibarıyla CRISPR-Cas9 teknolojisini temel alan “İkinci Nesil Düzenleme Platformu”nu araştırmacılara açtı. Platform, hem somatik hem de germ hattı modellemelerine uygun, yüklemeli-RNA (crRNA-tracrRNA) ve ribonükleoprotein (RNP) formatlarında çalışabiliyor. Enstitü bünyesinde kurulan S2 sınıfı laboratuvar, 24 saat canlı görüntüleme sistemi (IncuCyte S3) ve yüksek veri çözünürlüklü akış sitometri (BD FACSymphony A5 SE) ile entegre çalışarak, düzenleme verimliliğini gerçek zamanlı ölçümleyip raporluyor.

Proje kapsamında geliştirilen “micro-homology arm” (MHA) yaklaşımı, 50-80 bp kısa homolojik kollar kullanarak büyük delesyon/insersiyon operasyonlarını tek adımda tamamlıyor. Böylece klasik plazmid bazlı HDR yöntemine kıyasla süre 3 güne, maliyet ise yaklaşık %46’ya iniyor. Araştırmacılar, bu yöntemi; β-talasemi (HBB c.92+1G>A), hiperkolesterolemi (LDLR c.313+1G>A) ve otozomal resesif nörodejeneratif hastalıklar (PLA2G6 c.2228G>A) için oluşturdukları iPSC hatlarında başarıyla uyguladı. Düzenleme verimlilikleri sırasıyla %78, %81 ve %74 olarak ölçüldü; off-target etkiler GUIDE-seq ile tarandı ve <0,1 % seviyesinde kaldı.

Platform, akademik dış kullanıcılar için “bench-to-bedside” prensibiyle çalışıyor: Protokol paylaşımı, etik kurul onayı ve veri güvenliği (ISO/IEC 27001) aşamaları tamamlandıktan sonra, başvuru sahibi araştırmacıya 20 adet RNP reaksiyonu ve 5 adet klonal genotipleme hizmeti ücretsiz sunuluyor. Aynı zamanda, ulusal biyobankalardan (TR-Gen-Bank) temin edilen sağlıklı kontrol hattı hücreleri de platformda saklanıyor. Bu sayede, hasta-iPSC karşılaştırmalı çalışmaları hızlanıyor.

İKÇÜ Tıbbi Biyoloji A.B.D., 2024-2025 döneminde üç yeni proje çağrısı planlıyor: “Nadir Hastalıklar için CRISPR Ekranları”, “Multiplks Düzenleme ile Kanser İmmünoterapisi” ve “Senolitik Gen Tedavisi”. Her çağrı için 200 bin TL’ye kadar hibe, teknik destek ve uluslararası ortaklık fırsatı sunulacak. Detaylı başvuru kılavuzu ve etik onay şablonları enstitünün resmî sitesinde (https://tbiyoloji.ikcu.edu.tr) “CRISPR Platformu” sekmesinde yayımlandı.